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A jusante da PCH Cachoeira da Onça e dos principais afluentes do rio São José.

Rio Braço Sul, cerca de 1 km antes de sua confluência com o rio São José.

Rio Benevente, Alfredo Chaves

Santa Maria do Itabira

Próximo a ES-379, no rio Pardo.

Rio Piraquê-Açu, a jusanta da Cachoeira Paraíso.

Rio Jucu.

Córrego do Caboclo entre Conceição da Barra e Itaúnas

Baía de Vitória Próximo ao Penedo

Fazenda Coser

Ilhas Rasas e Ilha Escalvada

Laguna Costeira em Pontal do Ipiranga

Rio Itauninhas

Ribeirão do Engano

Afluente do Rio dos Frades, próximo ao povoado de Queimados

Afluente do Rio Corumbau, próximo a Aldeia Nova, na divisa de Prado com Porto-Seguro

Pier de Camburi

Ribeirão Lagoa, ponte na ES-484, antes de Serra Pelada

Rio do Cobre - Cachoeira Santa Luzia

Rio da Cobra, ponte na estrada de terra da Fazenda Guandu para Piracema

Rio Caparaozinho

Córrego Lajinha afluente do Córrego Bugarim, tributário do Córrego Amorim

Ribeirão São Bartolomeu à jusante de Cachoeira Braúna

Manguezal do Rio Bubu

Rio Piraquê-açú

Córrego Relógio em Aroaba

Ribeirão Juara

Rio Tamanduá

Afluente do Córrego Picada Comprida, tributário do Ribeirão Braço Sul que é formador do Rio Caxixe, na Fazenda Forno Grande

Ribeirão Braço Sul formador do Rio Caxixe

Rio Mutum Preto no terço inferior, entre Baixo Guandu e o povoado de Km 14

Rio Itaúnas entre Cachoeirinha do Itaúnas e Barra de São Francisco

Córrego Jaboti Grande próximo a foz no Rio Cotaxé, na ES-320 entre Cotaxé e Santa Luzia do Norte

Córrego Boa Esperança da ES-381 antes de Cristalina, próximo a entrada da ES-137

Córrego Areia, afluente do Córrego Grande na ES310 entre Nova Venecia e Boa Esperança

Córrego Miracema no lado direito da ES-080 no sentido de São Domingos do Norte para Colatina

Rio São João Pequeno

Ribeirão São Domingos no entorno do Parque Nacional do Caparaó

Rio Santa Maria do Rio Doce, entre São João de Petrópolis,e Vila 25 de Julho sobre a primeira ponte à direita

Rio Santa Maria do rio doce pela estradinha de margem direita, antes do IFES entre primeira e segunda ponte e Milanezi

Corrego Curto, entre os córregos da minhoca e Piranema ao Norte de Barra do Sahy

Córrego Grande na Estrada que liga Costa dourada à Pedro Canário, no entorno da REBIO Córrego Grande

Córrego Barra do Sahi Sahy à montante da ponte no manguezal de Barra do Sahy

Afluente do córrego Bom Jardim, tributário do Córrego Paraisópolis próximo a nascente no interior da REBIO de Sooretema

Córrego Paraisópolis próximo a ponte no interior da REBIO de Sooretema

Ribeirão do Branco, afluente do Rio do Banco

Rio da Visagem, próximo a foz do Banco

Rio Duas Bocas na descarga da represa no limite externo da REBIO Duas Bocas

Rio Viegas na foz

Rio Bragança, tributário do Córrego Pancrácio